Tengo una pareja de canarios que de 3 huevos solo han salido 2 pollos, le quito el otro huevo.

Si ya estás seguro que no está pisado, yo lo quitaría y le pondría uno de plástico. Así evitas que se rompa y te lie una buena en el nido y con el de plástico ayudas a los poyos a mantenerse levantados y a la hora de que les den la comida les resultará más cómodo. Además evitarás que la hembra los aplaste sin querer.
Un saludo